27 marca 1567 r. kasztelan żarnowski Jan Sienieński otrzymał od króla kontrakt lokacyjny, a założone miasteczko nazwał na cześć swojej małżonki Jadwigi Gnoińskiej, która pieczętowała się Warmią czyli Rakiem – właśnie Rakowem. Dla powstającego na „surowym korzeniu” Rakowa, Jan Sienieński sprecyzował prawa i obowiązki mieszczan oraz nadał im liczne przywileje i pozwolił na swobodę religijną. „Oznajmuję (...), iż żadnemu z przyrzeczonych rakowian w wierze, w której są różni od siebie, panować nie chcę (...), ale owszem każdego z nich (...) i potomki (...) w pokoju zaniechać obiecuję” – napisał w akcie elekcyjnym miasteczka i dał mieszkańcom 20 lat zwolnienia od świadczeń i podatków. 

   Raków w krótkim czasie stał się centrum życia braci polskich zwanych arianami mieszkających w Polsce. Miasto rozwijało się szybko i w latach 30. XVII wieku liczyło już 15 tys. mieszkańców. Powstał w tym czasie przemysł tkacki, papierniczy, garncarski i browarniczy. Wybudowano także okazały ratusz i most na Czarnej. W latach 1602–1638 istniała w Rakowie szkoła ariańska o międzynarodowej sławie, gdzie nauczanie prowadzono w oparciu o własne podręczniki, autorstwa wykładających w szkole profesorów.

   W wyniku nasilającej się kontrreformacji, 19 kwietnia 1638 roku sąd królewski zakazał dalszej działalności rakowskiego zboru, w tym także drukarni i szkoły oraz skazał na banicję nauczycieli. Po wygnaniu arian z Polski miasto podupadło i opustoszało. W 1869 roku, jak wiele innych polskich miast, utraciło prawa miejskie.